Pengelolaan Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) di SMPN 3 Peterongan merupakan salah satu program inovatif yang dimanfaatkan untuk budidaya  lele, patin, gurami atau mujaer. Kegiatan yang dilaksanakan awal tahun 2021 ini dikelola oleh Pokja (Kelompok Kerja) yang terdiri dari siswa dan guru pendamping IPAL. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk mengelolah air limbah wudlu dari mushollah.

Umumnya air wudlu terbuang sia-sia, SMPN 3 Peterongan berusaha mengoptimalkan sebagai sumber air untuk budidaya  ikan. Tujuan kegiatan ini juga untuk memasyarakatkan makan ikan. Hasil budidaya ikan dijual ke tengkulak dan dikonsumsi bersama seluruh warga sekolah. Siswa juga didampingi untuk membuat olahan ikan misal nugget lele.